Die erste urkundliche Erwähnung der Vorgängerin der heutigen „Weingartenkirche" datiert vom 1. Mai 1396, als am Fest der Apostel Philippus und Jakobus (welches heutzutage am 3. Mai gefeiert wird) der Straßburger Bischof Wilhelm von Diest an dieser Stelle eine Kapelle und einen Marienaltar weihte. Jahrhundertelang war „Unsere Liebe Frau im Weingarten" eine Marien-Wallfahrtskapelle. In den Jahren von 1525 bis 1549 amtierten lutherische Prädikanten in Weingarten, danach kehrte die Gemeinde zum katholischen Glauben zurück.
Als im Jahr 1631 das Dach der Kapelle durch Blitzschlag und Brand zerstört wurde, verwendete man zum Wiederaufbau Gelder aus dem Vermögen zweier wegen Hexerei verurteilter Frauen. Im 17. Jahrhundert wird der Bau erweitert. Der Westabschluss, der in der Höhe der heutigen Seitenportale nach der Erweiterung die Kirche abschloss, trägt die Jahreszahl 1694. Als einziges Überbleibsel aus der Barockzeit ist heute noch das Chorgestühl von J. Karg (Schnitzwerk Franz Leonhard Fivell) aus den 20er Jahren des 18. Jahrhunderts erhalten. 1787 wird Weingarten Pfarrei und gehört als solche zur Benediktinerabtei Kloster Schuttern, das 1805 säkularisiert wird. Seitdem hat der badische (später der deutsche) Staat die Baupflicht für die Kirche. In Folge von Kriegsereignissen wird die Kirche stark beschädigt, 1804 steht der Turm angeblich kurz vor dem Einsturz. Über sieben Jahrzehnte, während derer die Schäden immer größer werden, zieht sich die Planungsphase für Renovierung und Erweiterung hin. Am 13. Oktober 1878 weiht Weihbischof Lothar von Kübel die Kirche in ihrer heutigen Größe zu Ehren der Heiligen Apostel Philippus und Jakobus. 1887 werden unter anderem die lebensgroßen Apostelfiguren des Südtiroler Schnitzers Franz Tavella im Kirchenschiff aufgestellt. 1905/06 lebte die 1987 selig gesprochene Schwester Ulrika Nisch in Weingarten.
1954 wird der neugotische geschnitzte Hochaltar von Ferdinand Langenberg (1885), welcher früher in der St.-Josefs-Kirche in Duisburg (zerstört im 2. Weltkrieg) stand, erworben. In seinem Zentrum fand das rund 500 Jahre ältere spätmittelalterliche Gnadenbild der Schmerzhaften Muttergottes (Künstler unbekannt) einen würdigen Platz.
Seit 1987 hat die Pfarrei ein Pfarrzentrum (geweiht St. Pirmin) neben dem Pfarrhaus.
Am 14. Juli 2002 wurde die von Orgelbaumeister Claudius Winterhalter geschaffene neue Orgel der Weingartenkirche eingeweiht.
Am 15. März 2004 wurde unsere Pfarrei teil der Seelsorgeeinheit Offenburg Ost "Kleeblatt". Sie wurde aus den Pfarreien Hl. Kreuz Offenburg, Hl. Dreifaltigkeit Offenburg, Herz-Jesu Rammersweier und St. Philippus und Jakobus Weingarten gebildet. Leiter dieser Seelsorgeeinheit wurde bei der Gründung Pfarrer Hansjörg Klinger.
Zum 01. Januar 2015 entstand durch den Zusammenschluss von 3 Seelsorgeeinheiten die neue Seelsorgeeinheit Offenburg St. Ursula mit 14 Pfarreien. Leiter dieser Seelsorgeeinheit wurde Pfarrer und Dekan Matthias Bürkle.
Zum 01. Januar 2026 gingen mehrere Seelsorgeeinheiten in die Kirchengemeinde Mittlere Ortenau auf, mit Sitz in der Offenburger Pfarrei Hl. Kreuz. Leiter der Kirchengemeinde wurde Dr. Stefan Meisert.
